Η τρίκλιτη Βασιλική που βρίσκεται νοτιοανατολικά του Θεάτρου έχει μήκος 38,20 μ., και πλάτος 16,15 μ. Αποτελείται από ημικυκλική αψίδα με σύνθρονο και τρία κλίτη, που ορίζονται με κιονοστοιχίες και νάρθηκα στο δυτικό πέρας. Στο ανατολικό πέρας του νότιου κλίτους δημιουργήθηκε τον 13ο αιώνα μονόχωρος ναός, αξιοποιώντας τμήματα τοίχων και υλικά παλαιότερου κτίσματος.
Ο νάρθηκας επικοινωνεί με τον κυρίως ναό μέσω τριών ανοιγμάτων που οδηγούν στα αντίστοιχα κλίτη. Το κεντρικό κλίτος διέθετε τρίβηλο, μια τριμερή είσοδο με δύο κίονες που στέφονταν από τόξο. Μια πλευρική θύρα στον βόρειο τοίχο του νάρθηκα δίνει πρόσβαση σε συγκρότημα προσκτισμάτων, όπου πιθανώς υπήρχε και το βαπτιστήριο. Το κεντρικό κλίτος είναι πλακοστρωμένο με ασβεστολιθικές πλάκες, προερχόμενες από οικοδομήματα ρωμαϊκών και ελληνιστικών χρόνων. Στις γωνίες του θριαμβικού τόξου που υψωνόταν μπροστά από την αψίδα του ιερού, έχουν χρησιμοποιηθεί δύο βάθρα που φέρουν χαραγμένα τα ονόματα μεγάλων στρατιωτικών μορφών της αρχαιότητας, του ΑΡΙΣΤΟΜΕΝΗ και του ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΥ αντίστοιχα. Προφανώς, η επιλογή και η τοποθέτησή τους στη συγκεκριμένη θέση δεν μπορεί να είναι τυχαία.
Υστερότερης εποχής είναι τρεις αμελώς κτισμένες αντηρίδες που στηρίζουν εξωτερικά την αψίδα του Ιερού. Οι κιονοστοιχίες που στήριζαν τα κλίτη αποτελούνταν από δέκα αράβδωτους ασβεστολιθικούς κίονες με μαρμάρινες ιωνικές βάσεις που. προέρχονται από το προσκήνιο του Θεάτρου. Τα μαρμάρινα επίκρανα έφεραν τοξοστοιχία.
Η Βασιλική δεν διέθετε υπερώα πάνω από τα πλάγια κλίτη· το κεντρικό κλίτος στεγαζόταν με δίριχτη ξύλινη στέγη, ενώ χαμηλότερες μονόριχτες κάλυπταν τα δύο πλάγια. Στο μέσο περίπου του κεντρικού κλίτους, και ανάμεσα στον πέμπτο και τον έκτο κίονα της βόρειας κιονοστοιχίας, εντοπίστηκε η υποδομή του άμβωνα και της κλίμακας ανόδου προς αυτόν από το βόρειο κλίτος. Στα ανατολικά του κεντρικού κλίτους διαμορφώνεται εξέδρα για το ιερό, το οποίο ορίζεται από μια βαθμίδα και χωρίζεται από τον υπόλοιπο ναό με χαμηλό φράγμα. Σώζεται ο λίθινος βατήρας, πεσσίσκοι και τμήματα θωρακίων από μάρμαρο. Στο πλακόστρωτο της υπερυψωμένης εξέδρας του ιερού διακρίνονται εγκοπές από τα τέσσερα πόδια της Αγίας Τράπεζας, καθώς και από τις τέσσερις βάσεις των κιονίσκων που έφεραν το κιβώριο πάνω από την Αγία Τράπεζα.
Επιγραφές είναι χρησιμοποιημένες ως οικοδομικό υλικό κυρίως στο δάπεδο του κεντρικού κλίτους και στον στυλοβάτη των κιονοστοιχιών, με την ενεπίγραφη επιφάνεια ορατή και εκτιθεμένη στα πατήματα των πιστών.
