Η Αρχαιολογική Εταιρεία άρχισε συστηματικές ανασκαφικές έρευνες στην αρχαία Μεσσήνη το 1895 με τον Σάμιο αρχαιολόγο και μετέπειτα πολιτικό Θεμιστοκλή Σοφούλη. Οι ανασκαφές συνεχίστηκαν το 1909 και το 1925 από τον Γεώργιο Οικονόμο. Ακολούθησαν οι πολυετείς έρευνες και ανασκαφές του Σουηδού αρχαιολόγου Ν. Valmin στη Μεσσηνία, καρπός των οποίων υπήρξαν δύο βασικά συγγράμματά του, ένα για τις επιγραφές της Μεσσηνίας (1929) και ένα δεύτερο για τις τοπογραφικές του έρευνες στην Μεσσηνία (1930).
Το 1957 ανέλαβε τις ανασκαφές στην αρχαία Μεσσήνη ο τότε γραμματέας της Αρχαιολογικής Εταιρείας, ακαδημαϊκός Αναστάσιος Ορλάνδος, που εργάστηκε ως το 1974. Με τις ανασκαφές του ίδιου και των προκατόχων του ήλθε στο φως το μεγαλύτερο μέρος του οικοδομικού συγκροτήματος του Ασκληπιείου.
Το 1986 το Συμβούλιο της Αρχαιολογικής Εταιρείας ανέθεσε στον καθηγητή Πέτρο Θέμελη δια βίου τη διεύθυνση των ανασκαφών της αρχαίας Μεσσήνης. Από το 1987-2023 οι ανασκαφικές έρευνες με παράλληλες εργασίες στερέωσης και αναστήλωσης των μνημείων έχουν φέρει στο φως όλα τα δημόσια και ιερά οικοδομήματα της πόλης που είδε και περιέγραψε ο Παυσανίας στη Μεσσήνη, όταν την επισκέφθηκε στα χρόνια του αυτοκράτορα Αντωνίνου του Ευσεβούς (155-160 μ.X).
Από το 2023-2026 οι ανασκαφικές έρευνες στην αρχαία Μεσσήνη διεκόπησαν λόγω της ξαφνικής απώλειας του καθηγητού Πέτρου Θέμελη. Το 2026 το Δ.Σ. της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας με έγκριση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου του Υπουργείου Πολιτισμού ανέθεσε στον γενικό γραμματέα αυτής Νικόλαο Καλτσά, στην αρχαιολόγο του Υπουργείου Πολιτισμού Ευγενία (Εύη) Λαμπροπούλου και στον εντεταλμένο ερευνητή του Ε.Ι.Ε. Νικόλαο Τσιβίκη την διεύθυνση των ανασκαφών στην αρχαία Μεσσήνη για την 5ετία 2026-2030, με σκοπό την ολοκλήρωση του ημιτελούς ερευνητικού έργου.
Το ανασκαφικό πνεύμα και έργο του Πέτρου Θέμελη (1986-2023)
Η διαδικασία της ανασκαφής που είναι από τη φύση της μια διαδικασία καταστροφική και ανεπανάληπτη, πραγματοποιήθηκε στον αρχαιολογικό χώρο της αρχαίας Μεσσήνης αδιάλειπτα και συστηματικά 38 συναπτά έτη, στηριζόμενη στην πλήρη επί τόπου μεθοδική τεκμηρίωση.
Η βασική επιστημονική ομάδα του έργου της αρχαίας Μεσσήνης καθώς και δεκάδες φοιτητές και φοιτήτριες Αρχαιολογίας-Αρχιτεκτονικής και Συντήρησης ελληνικών και ξένων πανεπιστημίων εργάζονταν κάθε χρόνο υπό την καθοδήγηση του διευθυντή του ανασκαφικού και αναστηλωτικού προγράμματος του έργου, καθηγητού Π. Θέμελη, παρά τις αντίξοες πολλές φορές συνθήκες και το δύσκολο ωράριο, στο ανασκαφικό πρόγραμμα, συμβάλλοντας στην αποκάλυψη σημαντικών μνημείων και οικοδομημάτων στο χώρο.
Αποψίλωση του αρχαιολογικού χώρου, πλύσιμο θραυσμάτων κεραμικής και διαλογή τους, διάνοιξη τάφων, σχεδίαση ακίνητων και κινητών ευρημάτων ανάλογα με τις ικανότητες και την εμπειρία τους, χρήση χωροβάτη για τον ορισμό του βάθους και των συντεταγμένων της θέσης εύρεσης των αντικειμένων και την καταχώρηση των στοιχείων σε ειδική καρτέλα τεκμηρίωσης, επιμελή καθαρισμό αρχαίων τοίχων προκειμένου να φωτογραφηθούν, να τοπογραφηθούν και να σχεδιαστούν με την καθοδήγηση πάντα του επόπτη αρχαιολόγου και του διευθυντή της ανασκαφής, είναι η κατά βάση εργασίες που συντελούνταν στο πεδίο, κατά τη διάρκεια της ανασκαφής.
Μελέτη, καταγραφή, φωτογράφιση και ταξινόμηση όλων των κινητών ευρημάτων (σήμερα αγγίζουν τα 20.000 ευρήματα) αποτελούσε το συστηματικό πρόγραμμα εργασιών στις αποθήκες του μουσείου από φοιτητές και αρχαιολόγους καθ’ όλη τη διάρκεια της ανασκαφικής περιόδου, τα απογεύματα. Κατά τη διάρκεια και ενδιάμεσα των παραπάνω εργασιών, με επίκεντρο τα ευρήματα της ημέρας, παραδίδονταν μαθήματα κεραμικής, γλυπτικής, αρχιτεκτονικής κ.ά, από το διευθυντή των ανασκαφών Πέτρο Θέμελη και άλλους εξειδικευμένους ανά πεδίο επιστήμονες, ενώ ακολουθούσε ανοιχτή συζήτηση με του φοιτητές σε θέματα που άπτονταν του αντικειμένου.
Η Εταιρεία Μεσσηνιακών Αρχαιολογικών Σπουδών, με πρόεδρο το διευθυντή του ανασκαφικού και αναστηλωτικού έργου της αρχαίας Μεσσήνης, τον καθηγητή Π. Θέμελη, κάλυπτε τα έξοδα διαμονής και διατροφής των εθελοντών φοιτητών και σπουδαστών, καθ’ όλη τη διάρκεια της ανασκαφικής περιόδου.
Ο αρχαιολογικός χώρος της αρχαίας Μεσσήνης, ίσως είναι ο μοναδικός, όπου η διαδικασία της ανασκαφής, της συντήρησης των μνημείων, η οποία εν μέρει ελάμβανε χώρα στην ύπαιθρο, όπως η συντήρηση της επιφάνειας αρχιτεκτονικών μελών και ψηφιδωτών δαπέδων, αλλά και η διαδικασία αναστήλωσης των μνημείων, παρέμενε ανοιχτή για το κοινό . Το ενδιαφέρον που επιδείκνυαν οι επισκέπτες για τις κατά χώραν εκτελούμενες αυτές εργασίες υπήρξε εντυπωσιακά έντονο, καθώς αισθάνονταν και οι ίδιοι, κατά κάποιο τρόπο, μέρος της ίδιας διαδικασίας. Όπως υποστήριζε συχνά ο Πέτρος Θέμελης, δεν μπορεί να υπάρξει δημιουργία χωρίς θεατές και ακροατήριο το οποίο κατανοεί, αισθάνεται και συγκινείται από τη διαδικασία και όχι απλώς από το τελικό αποτέλεσμα.
