Το αρχαιολογικό μουσείο στεγάζει ευρήματα των ανασκαφών της Αρχαιολογικής Εταιρείας στην Αρχαία Μεσσήνη, οι οποίες άρχισαν το 1895 από τον Θεμιστοκλή Σοφούλη και συνεχίστηκαν από τον Γεώργιο Οικονόμο (1905 και 1926), τον Αναστάσιο Ορλάνδο (1957-1975) και τον Πέτρο Θέμελη (1986 έως to 2023). Κτίστηκε μεταξύ των ετών 1968 και 1972 στις δυτικές παρυφές του χωριού Μαυρομάτι, σε οικόπεδο που δώρησε στην αρχαιολογική εταιρεία ο ομογενής Δ. Λατζούνης.
Το μουσείο είναι μικρό, διώροφο και απλό στη μορφή του. Στον όροφο περιλαμβάνει τρεις αίθουσες έκθεσης και εξώστη, ενώ στο ισόγειο βρίσκονται οι αποθηκευτικοί χώροι. Αρχιτεκτονικά μέλη και ενεπίγραφα βάθρα έχουν εκτεθεί στο αίθριο του μουσείου και στα υπόστεγα. Σήμερα στο αρχαιολογικό μουσείο εκτίθενται ένα πολύ μικρό μέρος των αρχαιολογικών ευρημάτων που προέρχονται από τις ανασκαφές, κυρίως γλυπτά, ενώ ο μεγαλύτερος όγκος αυτών φυλάσσεται στις αποθήκες. Το σύνολο των καταγεγραμμένων μόνο ευρημάτων (αρχιτεκτονικών μελών, γλυπτών, μετάλλινων, λίθινων, πήλινων, (ειδωλίων, αγγείων) οστέινων, γυάλινων κ.ά) ανέρχεται στις 20.000 και σε 10.000 τα νομίσματα.
Σε εξέλιξη βρίσκεται η διαδικασία για την κατασκευή νέου, μεγαλύτερου αρχαιολογικού μουσείου που θα στεγάσει την πλειονότητα των ανεσκαμμένων ευρημάτων.
Μεταξύ των ετών 1995-1999 και 2002-2008 με δαπάνες της Εταιρείας Μεσσηνιακών Αρχαιολογικών Σπουδών (ΕΜΑΣ) έλαβαν χώρα εκτεταμένες εργασίες επισκευών και ανακαίνισης τόσο στο μουσείο όσο και στον περιβάλλοντα χώρο του καθώς και εργασίες κατασκευής προστατευτικού στεγάστρου για τα αρχαιολογικά ευρήματα στον αύλιο χώρο του μουσείου. Η ΕΜΑΣ παράλληλα συμβάλει στην ετήσια φροντίδα και συντήρηση του αρχαιολογικού μουσείου και του περιβάλλοντος χώρου μέχρι και σήμερα.
