Οικοδομικά λείψανα που ανήκουν σε πολυτελείς κατοικίες της ρωμαϊκής περιόδου (3ος–4ος μ.Χ.), οι οποίες διαδέχτηκαν προγενέστερες οικίες της ελληνιστικής και της πρώιμης ρωμαϊκής εποχής, εντοπίζονται αμέσως δυτικά, με την παρεμβολή αρχαίας οδού

πλάτους 2μ., από το Θέατρο. Ορισμένα δωμάτια της τελευταίας φάσης του 4ου αι. μ.Χ., κυρίως οι ανδρώνες, έχουν τα δάπεδα στρωμένα με πολύχρωμα ψηφιδωτά και φέρουν επιγραφές, όπως ΠΑΡΑΜΟΝΟC ΑΝΑΓΝΩΣΤΗΣ ΕΠΟΙΕΙ και ΘΕΟΔΟΥΛΟC ΕΠΙΣΚΟΠΟC (Ε)ΠΟΙΕΙ, που σχετίζονται με τη χρήση τους ως «ευκτήριου οίκου», ως «εν οίκω εκκλησίας» για τις συγκεντρώσεις των πρώτων χριστιανών της κοινότητας. Ο ευκτήριος οίκος του 3ου αιώνα μ.Χ. ανακαινίζεται και διευρύνεται στις πρώτες δεκαετίες του 4ου αι. και πλέον υπεύθυνος αυτής της πράξης είναι ο τοπικός επίσκοπος Θεόδουλος. Στο ψηφιδωτό δάπεδο του ανδρώνα της νοτιότερης οικίας δεσπόζει το θέμα των κύβων, του πλοχμού και της μαργαρίτας σε ποικίλους συνδυασμούς. Στο ψηφιδωτό της δεύτερης, βορειότερης οικίας κυρίαρχο θέμα είναι το μαιανδροειδές κόσμημα.

Ο Ευκτήριος Οίκος στην Αρχαία Μεσσήνη αποτελεί την αρχαιότερη χριστιανική αίθουσα συνάθροισης στον Ελλαδικό χώρο και μια από τις αρχαιότερες σε ολόκληρο τον μεσογειακό χώρο, αποτελώντας ένα παγκόσμιας σημασίας εύρημα που φωτίζει με μοναδικό τρόπο τόσο τον πρώιμο χριστιανισμό όσο  και τη μετάβαση της πόλης από την ελληνορωμαϊκή αρχαιότητα στην πρώιμη χριστιανική περίοδο.