Όσα γνωρίζουμε από τον Παυσανία και τους άλλους αρχαίους συγγραφείς όχι μόνο επιβεβαιώνουν, αλλά συχνά συμπληρώνουν οι επιγραφές. Ο Παυσανίας μεταξύ της αγοράς και του ιερού του Ασκληπιού σημειώνει εκτός των άλλων την ύπαρξη ιερού της Δήμητρας και αγαλμάτων των Διοσκούρων, Κάστορα και Πολυδεύκη. Οι ανασκαφές απεκάλυψαν τα λείψανα του ιερού αυτού, του οποίου η ταύτιση επιβεβαιώνεται από μια ορειχάλκινη ασπίδα με επιγραφή του 4ου αι. π.Χ. που βρέθηκε σε αποθέτη μέσα στο ιερό: ΤΩΙ ΠΟΛYΔ|ΕΚΗΙ ΑΝΕΘΗΚΕ | ΚΑΛΛΙΠΠΙΔΑΣ | ΚΑΙ ΤΟΙ ΣYΜΠΕΙΘ|ΟΙ.

Το αρχιτεκτονικό συγκρότημα με τις τέσσερεις στοές, την περίστυλη αυλή και τον μεγάλο δωρικό ναό στο κέντρο ταυτίστηκε προς το αναφερόμενο από τον Παυσανία ιερό του Ασκληπιού από τον συνδυασμό των πληροφοριών δύο επιγραφών. Η πρώτη μαρτυρεί ότι ο Μάρκος Καίσιος Γάλλος που διετέλεσε ταμίας και αντιστράτηγος ΕΠΕΣΚΕYΑΣΕΝ | ΤΑΣ ΣΤΟΑΣ ΤΑΣ ΤΕΣΣΑΡΑΣ ΤΟY ΑΣΚΛΗΠΙΕΙΟY ΚΑΙ ΤΑΣ YΠΕΡΚΕΙΜΕΝΑΣ ΠΑ|ΡΑΕΤΙΔΑΣ ΤΑΣ ΚΑΤΑ ΤΟ ΚΑΙΣΑΡΗΟΝ.

Από το κείμενο προκύπτει η τοπογραφική σχέση του τετραστώου Ασκληπιείου με το Καισάρειον, το λεγόμενον και Σεβαστείον, που ήταν χώρος λατρείας του Αυγούστου και των Σεβαστών. Η ταύτιση του Σεβαστείου κατέστη δυνατή με την εύρεση μιας δεύτερης επιγραφής (πρόκειται για ψήφισμα αναφερόμενο σε επισκευές που έγιναν την πρώτη δεκαπενταετία του 1ου αι. μ.Χ. σε σημαντικά δημόσια κτήρια και ιερά της πόλεως, BCH 109, 1985, 597-607), την οποία ίδρυσε ΠΑΡΑ ΤΟ ΣΕΒΑΣΤΕΙΟΝ με επιμέλεια του γραμματέως των συνέδρων, και η οποία βρέθηκε στην αρχική της θέση μπροστά στην κεντρική κλίμακα της βόρειας πτέρυγας του συγκροτήματος. Αντίστοιχα, η εύρεση στο αίθριο του χώρου αναθηματικών επιγραφών στον Ασκληπιό και την Υγεία επιβεβαίωσε την ταύτιση με το Ασκληπιείο (ΠΑΕ 1962, 112γ, αρ. 8 και ΠΑΕ 1971, 166, αρ. 6).

Οι μικροί οίκοι της δυτικής πτέρυγας του Ασκληπιείου, όπως αποδεικνύει η αρχιτεκτονική τους μορφή και η παντελής έλλειψη αποθετών και βωμών, δεν ήταν λατρευτικοί, αλλά στέγαζαν τα αγάλματα του Ασκληπιού και των παίδων του, του Απόλλωνος, των Μουσών, του Ηρακλέους, της πόλεως των Θηβαίων και του Θηβαίου Επαμεινώνδα, της Τύχης και της Αρτέμιδος Φωσφόρου. Tα αγάλματα αυτά, πλην της σιδηράς εικόνος του Επαμεινώνδα, ήταν έργα του Μεσσηνίου γλύπτη Δαμοφώντος, κατά την μαρτυρία του Παυσανία (4, 31, 10). Η απόδοση των οίκων στα αγάλματα έγινε δυνατή λόγω της εύρεσης στήλης ψηφίσματος στον τελευταίο προς βορρά οίκο (K) —μια απόφαση των συνέδρων του 42 μ.Χ. να τιμήσουν τον γραμματέα τους Μνασίστρατον Φιλοξενίδα, η οποία προβλέπει την ίδρυση της στήλης ΠΑΡΑ ΤΟΝ ΝΑΟΝ ΤΗΣ ΑΡΤΑΜΙΤΟΣ—. Την ταύτιση του οίκου K με το Αρτεμίσιο επιβεβαίωσαν επιπλέον οι αναθηματικές επιγραφές (2ος π.Χ. – 3ος μ.Χ. αι.) στην Άρτεμιδα Ορθεία, που βρέθηκαν μέσα στον οίκο.

Τέλος, το στάδιο της πόλης αναγνωρίστηκε ήδη τον 19ο αι. από τα σωζόμενα ορατά κατάλοιπα, ενώ η θέση του γυμνασίου, το οποίο απλώς μνημονεύει ο Παυσανίας, καθορίστηκε από επιγραφές που περιλαμβάνουν καταλόγους εφήβων, αναθέσεις γυμνασιαρχών και εφήβων, αναθηματικές επιγραφές στον Ηρακλή και στον Ερμή, και τέλος επιγραφές που μαρτυρούν την κατασκευή και επισκευή του Προπύλου του Γυμνασίου.

Οι ενεπίγραφοι λίθοι έκαναν γνωστές και λατρείες στην πόλη της Μεσσήνης που δεν αναφέρει ο Παυσανίας, επειδή δεν λειτουργούσαν την εποχή του ή γιατί ο ίδιος δεν τις θεώρησε αξιομνημόνευτες. Στον 3ο αι. π.Χ. χρονολογείται ανάθεση στον Απόλλωνα Αγυιέα. Στην περιοχή μεταξύ της Αγοράς και του Ασκληπιείου κατά την ΒΔ γωνία του οι αρχαιολογικές έρευνες έφεραν στο φως μικρό ναό της Ορθίας Αρτέμιδας. Η απόδοση στην Ορθία στηρίχθηκε στην εύρεση πήλινων ειδωλίων της θεάς και ενός πεσσού με επιγραφή (3ου αι. π.X.) που έφερε μικρό χάλκινο αγαλμάτιο Αρτέμιδας. ΒΑ του χωρίου Μαυρομάτι, στο μέσον περίπου της απόστασης προς την κορυφή της Ιθώμης, στη θέση Σπέλουζα, o Γάλλος αρχαιολόγος Philip Le Βas εντόπισε το 1844 τα θεμέλια ενός ιωνικού ναού. Επιγραφή του 3ου αι. π.Χ. (ΙG V 1, 1442) τον οδήγησε να αναγνωρίσει τον ναΐσκο ως ιερό της Αρτέμιδος Λιμνάτιδος. Οι επιγραφές συμβάλλουν επίσης στην πληρέστερη γνώση της ιστορίας της Μεσσήνης, άλλοτε επιβεβαιώνοντας όσα ήδη γνωρίζομε από τους αρχαίους συγγραφείς, άλλοτε προσφέροντας εντελώς νέες γνώσεις. Δυο ελλιπείς επιγραφές σώζουν μερικώς τα κείμενα συνθηκών: Η πρώτη είναι συνθήκη Μεσσηνίων και Μακεδόνων, η δεύτερη είναι συνθήκη μεταξύ του βασιλέως Λυσιμάχου και των Μεσσηνίων (306-281 π.x).

Ψηφίσματα ξένων πόλεων (Ερέτριας, Ναυπάκτου, Θηβών, Σμύρνης, Δημητριάδας κ.ά.) προς τιμήν Μεσσηνίων δικαστών ή ψηφίσματα των Μεσσηνίων προς τιμήν ξένων δικαστών, μαρτυρούν τις σχέσεις της Μεσσήνης με τις άλλες πόλεις από τον 3ο αι. π.Χ. έως τον 2ο αι. μ.Χ. Όπως προκύπτει από δύο αποσπασματικώς σωζόμενα ψηφίσματα, οι Μεσσήνιοι δέχονται την πρόταση των Κεφαλλήνων να συμμετάσχουν σε ιερόν αγώνα, πού εκείνοι μόλις έχουν καθιερώσει. Από ένα άλλο ελλιπώς σωζόμενο ψήφισμα (ΙG V 1, 1426) γνωρίζομε ότι οι Μεσσήνιοι τίμησαν με ισοπολιτεία τριάντα ξένους ιππείς, πιθανώς πολίτες της γειτονικής πόλεως Άμφειας, διότι συμπαρατάχθηκαν με τους Μεσσήνιους, ίσως κατά την πολιορκία της Μεσσήνης από τον Δημήτριο τον Πολιορκητή (295/4 π.Χ.). Την καλλιτεχνική δράση του Μεσσήνιου γλύπτη Δαμοφώντα Φιλίππου φωτίζουν τα τιμητικά ψηφίσματα επτά πόλεων (Λυκοσούρας, Λευκάδος, Κρανίων, Μήλου, Κύθνου, Γερηνίας και Οιανθείας) χαραγμένα σε υψηλό δωρικό κίονα που στήθηκε στο ταφικό μνημείο του στο Ασκληπιείο γύρω στα μέσα του 2ου αι. π.Χ.

Τη Μεσσήνη των Ρωμαϊκών χρόνων γνωρίζουμε από τρία εκτενή κείμενα που αφορούν στην οροθεσία των συνόρων μεταξύ Μεσσήνης και Λακεδαίμονος (ΙG V 1, 1431), στην επισκευή δημοσίων κτηρίων και στην επιβολή της λεγομένης οκτωβόλου εισφοράς (ΙG V 1, 1432). Σώζονται και πολλές τιμητικές επιγραφές χαραγμένες στα βάθρα ανδριάντων προς τιμήν Ρωμαίων αυτοκρατόρων και αξιωματούχων. Η αθλητική δραστηριότητα στο Στάδιο και το Γυμνάσιο αποτυπώνεται στους καταλόγους των αγωνοθετών, των εφήβων και στις αναθηματικές επιγραφές γυμνασιαρχών και νικητών σε αγώνες εγχώριους ή ξένων πόλεων. Οι επιτύμβιες τέλος επιγραφές συμβάλλουν στη μελέτη κυρίως της τοπογραφίας (στον καθορισμό της θέσεως των νεκροταφείων) και της προσωπογραφίας των Μεσσήνιων πολιτών και των ξένων κατοίκων της πόλεως.