Όσα γνωρίζουμε από τον Παυσανία και τους άλλους αρχαίους συγγραφείς όχι μόνο επιβεβαιώνουν, αλλά συχνά συμπληρώνουν οι επιγραφές. Ο Παυσανίας μεταξύ αγοράς και ιερού του Ασκληπιού σημειώνει εκτός των άλλων την ύπαρξη ιερού της Δήμητρος και αγαλμάτων των Διοσκούρων, του Κάστορος και του Πολυδεύκους. Οι ανασκαφές απεκάλυψαν τα λείψανα του ιερού αυτού, του οποίου η ταύτιση επιβεβαιώνεται από την ορειχάλκινη ασπίδα με επιγραφή του 4ου αι. π.Χ.που βρέθηκε δίπλα στο ιερό: TΩI ΠOΛYΔ|EKHI ANEΘHKE | KAΛΛIΠΠIΔAΣ | KAI TOI ΣYMΠEIΘ|OI (ΠAE 1994, 84,). Το αρχιτεκτονικό συγκρότημα με τις 4 στοές, την περίστυλη αυλή και τον μεγάλο δωρικό ναό στο κέντρο ταυτίστηκε προς το αναφερόμενο από τον Παυσανία ιερόν του Ασκληπιού από τον συνδυασμό των πληροφοριών δύο επιγραφών. H πρώτη μαρτυρεί ότι ο Mάρκος Kαίσιος Γάλλος, που διετέλεσε ταμίας και αντιστράτηγος EΠEΣKEYAΣEN | TAΣ ΣTOAΣ TAΣ TEΣΣAPAΣ TOY AΣKΛHΠIEIOY KAI TAΣ YΠEPKEIMENAΣ ΠA|PAETIΔAΣ TAΣ KATA TO KAIΣAPHON (HOPOΣ 6, 1988, 79-81).

Aπό το κείμενο προκύπτει η τοπογραφική σχέση του τετραστώου Aσκληπιείου με το Kαισάρειον, το λεγόμενον και Σεβάστειον, που ήταν ο χώρος λατρείας του Aυγούστου και των Σεβαστών? η ταύτιση του Σεβαστείου κατέστη δυνατή με την εύρεση της δεύτερης επιγραφής. Πρόκειται για ψήφισμα αναφερόμενο σε επισκευές πού έγιναν την πρώτη δεκαπενταετία του 1ου αι. μ.Χ. σε σημαντικά δημόσια κτήρια και ιερά της πόλεως (BCH 109, 1985, 597-607). Με επιμέλεια του γραμματέως των συνέδρων η στήλη ιδρύθηκε ΠAPA TO ΣEBAΣTEION, βρέθηκε δε στην αρχική της θέση μπροστά στην κεντρική κλίμακα της B. πτέρυγας του συγκροτήματος. H εύρεση στο αίθριο του χώρου αναθηματικών επιγραφών στον Ασκληπιό και την Υγεία επιβεβαίωσε την ταύτιση με το Ασκληπιείο (ΠAE 1962, 112γ, αρ. 8 και ΠAE 1971, 166, αρ. 6). Οι μικροί οίκοι της δυτικής πτέρυγος του Ασκληπιείου, όπως αποδεικνύει η αρχιτεκτονική τους μορφή και η παντελής έλλειψη αποθετών και βωμών, δεν ήταν λατρευτικοί, άλλα στέγαζαν τα αγάλματα του Ασκληπιού, των παιδιών του, του Απόλλωνος, των Μουσών, του Ηρακλέους, της πόλεως των Θηβαίων, του Θηβαίου Επαμεινώνδα, της Τύχης και της Αρτέμιδος Φωσφόρου. Tα αγάλματα, πλην της εκ σιδήρου εικόνος του Eπαμεινώνδα, ήταν έργα του Μεσσηνίου γλύπτη Δαμοφώντος κατά την μαρτυρία του Παυσανία (4, 31, 10). Η απόδοση των οίκων στα αγάλματα έγινε δυνατή λόγω της ευρέσεως στήλης ψηφίσματος στον τελευταίο προς βορρά οίκο (K). Το ψήφισμα (42 μ.Χ.) είναι απόφαση σώματος συνέδρων να τιμήσουν τον γραμματέα τους Μνασίστρατον Φιλοξενίδα και προβλέπει την ίδρυση της στήλης ΠAPA TON NAON THΣ APTAMITOΣ. Την ταύτιση του οίκου K με το Aρτεμίσιο επιβεβαίωσαν και οι αναθηματικές επιγραφές (2ος π.Χ. - 3ος μ.Χ. αι.) στην Άρτεμιδα Oρθεία, που βρέθηκαν μέσα στον οίκο. Το στάδιον της πόλεως αναγνωρίστηκε ήδη τον 19ο αι. από τα σωζόμενα ορατά κατάλοιπα, ενώ η θέση του γυμνασίου, το οποίο απλώς μνημονεύει ο Παυσανίας, καθορίστηκε από επιγραφές. Πρόκειται για καταλόγους εφήβων, αναθέσεις γυμνασιάρχων και εφήβων, αναθηματικές επιγραφές στον Ηρακλή και στον Eρμή και τέλος, επιγραφές πού μαρτυρούν την ανάθεση ναού Eρμού και Ηρακλέους, καθώς και την κατασκευή και επισκευή του Προπύλου του Γυμνασίου.

Aλλά οι ενεπίγραφοι λίθοι μας έκαναν γνωστές και λατρείες, πού δεν αναφέρει ο Παυσανίας, είτε επειδή δεν επισκέφθηκε τα ιερά τους, είτε επειδή δεν λειτουργούσαν την εποχή του ή τέλος, διότι ο ίδιος δεν τα θεώρησε αξιομνημόνευτα. Στον 3ο αι. π.Χ. χρονολογείται ανάθεση στον Απόλλωνα Αγυιέα. Στην περιοχή μεταξύ της Αγοράς και του Ασκληπιείου και κατά την ΒΔ γωνία του οι αρχαιολογικές έρευνες απεκάλυψαν το 1991 μικρό ιερό της Όρθείας Αρτέμιδος. Η απόδοση στην Όρθεία στηρίχθηκε στην εύρεση πήλινων ειδωλίων Αρτέμιδος και πεσσόσχημης ενεπίγραφης στήλης (3ου αι. π.X.) μικρού χάλκινου αναθήματος πού βρέθηκε κοντά στο ιερό (ΠAE 1991, 86-9.) Βορειοανατολικά του χωρίου Μαυρομάτι, στο μέσον περίπου της αποστάσεως προς την κορυφή της Ιθώμης, στην θέση Σπέλουζα o Ph. Le Bas εντόπισε τα θεμέλια ιωνικού ναΐσκου. Επιγραφή του 3ου αι. π.Χ. (IG V 1, 1442) τον οδήγησε να αναγνωρίσει τον ναΐσκο ως ιερό της Αρτέμιδος Λιμνάτιδος. Άλλα οι επιγραφές συμβάλλουν επίσης και στην πληρέστερη γνώση της ιστορίας της Μεσσήνης, άλλοτε επιβεβαιώνοντας όσα ήδη γνωρίζομε από τους αρχαίους συγγραφείς, άλλοτε προσφέροντας εντελώς νέες γνώσεις. Προσφάτως ήλθαν στo φως δύο ελλιπείς δυστυχώς πού σώζουν μερικώς τα κείμενα συνθηκών: H πρώτη είναι συνθήκη Mεσσηνίων και Mακεδόνων. H δεύτερη είναι συνθήκη του βασιλέως Λυσιμάχου και των Mεσσηνίων (306-281 π.x)

Ψηφίσματα ξένων πόλεων (Ερέτριας, Ναυπάκτου, Θηβών) προς τιμήν Μεσσηνίων πολιτών πού προσέφεραν υπηρεσίες προς αυτές, ή ψηφίσματα των Μεσσσηνίων προς τιμήν ξένων δικαστών, μαρτυρούν τις σχέσεις της Μεσσήνης με τις άλλες πόλεις από τον 4ο αι. π.Χ. έως τον 2ο αι. μ.Χ. Όπως προκύπτει από δύο αποσπασματικώς σωζόμενα ψηφίσματα (ΠAE 1990, 85, αρ. 2), οι Μεσσήνιοι δέχονται την πρόταση των Κεφαλλήνων να συμμετάσχουν σε ιερόν αγώνα, πού εκείνοι μόλις έχουν καθιερώσει. Από ένα άλλο ελλιπώς σωζόμενο ψήφισμα (IG V 1, 1426) γνωρίζομε ότι οί Μεσσήνιοι τιμούν με ίσοπολιτείαν 30 ξένους ιππείς, πιθανώς πολίτες της γειτονικής πόλεως Άμφείας, διότι συμπαρατάχθηκαν με τους Μεσσηνίους, ίσως κατά την πολιορκία της Μεσσήνης από τον Δημήτριο τον Πολιορκητή (295/4 π.Χ.). Την καλλιτεχνική δράση του Μεσσηνίου γλύπτη Δαμοφώντος φωτίζουν τα τιμητικά ψηφίσματα επτά πόλεων (Λυκοσούρας, Λευκάδος, Κρανίων, Μήλου, Κύθνου, Γερηνίας και Οιανθείας) χαραγμένα σε υψηλό δωρικό κίονα μετά τα μέσα του 2ου αι. π.Χ.
Την Μεσσήνη των Ρωμαϊκών χρόνων γνωρίζομε από 3 εκτενή κείμενα πού αφορούν αντιστοίχως στην οριοθεσία των συνόρων μεταξύ Μεσσήνης και Λακεδαίμονος (IG V 1, 1431), στην επισκευή δημοσίων κτηρίων (BCH 109, 1985, 597-607), και στην επιβολή της λεγομένης οκτωβόλου εισφοράς (IG V 1, 1432)? επίσης, από τιμητικές επιγραφές χαραγμένες σε βάθρα αδριάντων προς τιμήν Ρωμαίων αυτοκρατόρων και αξιωματούχων πρβλ. ΠAE 1998, 97-102) και από την αθλητική δραστηριότητα περί το στάδιον καί το γυμνάσιο όπως αποτυπώνεται τους καταλόγους των αγωνοθετών, των εφήβων, ή στις αναθηματικές επιγραφές γυμνασιαρχών και νικητών σε αγώνες εγχώριους ή ξένων πόλεων. Οι επιτύμβιες τέλος επιγραφές παρά την ξερή απαρίθμηση ονομάτων συμβάλλουν στη μελέτη κυρίως της τοπογραφίας (στον καθορισμό της θέσεως των νεκροταφείων) και της προσωπογραφίας των Μεσσηνίων πολιτών και των ξένων κατοίκων της πόλεως.